Man ved ikke nøjagtigt, hvornår Søværnets skibe begyndte at anvende Dannebrog. De tidligste billeder af Søværnets skibe, der bruger Dannebrog, er fra det 15. og 16. århundrede. Det var Kong Christian den 4., der den 8. maj 1625, lavede de første regler for brug af flag for danske krigsskibe.

Den første forskrift vedrørende Splitflaget er fra den 27. marts 1630, hvor Kong Christian 4. beordrer, at norske Defensionskibe (bevæbnede handelsskibe) kun må benytte Splitflaget, hvis de er i dansk krigstjeneste

Den danske flåde, begyndte at anvende orlogsrødt i orlogsflaget, frem for den normale røde, omkring 1750 da flåden var meget aktiv i Middelhavet. Årsagen hertil har givetvis været den stedlige tilgang til farvematerialer, farven kommer fra planten krap der vokser i Sydeuropa og kaldes derfor kraprød, nok for at minimere forveksling mellem Dannebrog og Malteserordnens flag, samtidig blev der i forordningen af 11. juni 1748, for handelsskibe bestemt de skulle bruge et rødt flag med et hvidt kors uden spaltet ende. En forordning vedtaget i 1758 krævede, at danske skibe, der sejlede i Middelhavet, skulle bære den kongelige monogram i midten af flaget, F5 skrevet retvendt og spejlvendt.

Orlogsflag som vi kender det, stammer fra 1806 og bruges den dag i dag i den danske flåde. Havde i sær betydning under den 1. verdenskrig, hvor den danske flåde, blev respekteres i sin håndhævelse af Danmarks neutralitets politik. Men det var nok fordi vi lod os presse til, at lægge miner ud i danske farvande, der på sin vis beskyttede Tyskland. Det gjorde sig desværre ikke gællen ved Flåden Ran år 1807. Hvor Englænderne tros vore neutral status, angreb os og tog flåden.